创新基金作为目前以科技型中小企业为政策着力点的中央政府财政专项资金，肩负着支持科技型中小企业技术创新活动、提高企业技术创新能力和培育科技型中小企业成长的重要使命。

一、创新基金的宗旨

　　首先是支持技术创新。创新基金支持的项目应拥有自主知识产权，并要求在技术、工艺或产品性能上有较大的创新或有实质性的改进，技术水平至少达到国内或国际先进水平。
　　其次是鼓励技术创业，培养技术创业企业家。创新基金重点支持初创期的科技型中小企业，优先支持由高素质的科技人员和留学归国人员创办、领办的企业，使其能够在创新基金的帮助下，利用其拥有或掌握的具有自主知识产权的先进技术和高水平的技术成果进行创业。通过创新基金的支持，提高初创企业抵御早期风险的能力，帮助企业渡过发展的困难时期。
　　第三是促进产业发展。鼓励和扶持中小企业按照产业链专业化分工和规模化生产的要求，形成功能部件研发和配套生产，推动区域经济快速发展。
　　第四是引导社会资金，加速科技成果转化。创新基金的建立，一方面通过直接资助缓解科技型中小企业创新资金的不足，另一方面是通过引导和示范，吸引和带动各级政府、金融机构加强对科技型中小企业创新活动的关注和支持，带动符合市场经济规律、服务于科技型中小企业技术创新的投融资体系的建立，缓解科技型中小企业融资困难的状况。

二、创新基金的运行机制

　　创新基金的管理采取政府部门决策和监督、专家咨询和指导、基金管理机构组织和实施的“三位一体”的管理模式，即科技部、财政部作为政府机构负责制定创新基金运作规则，决定创新基金的总体工作目标和《指南》，并对运作情况实施监督和指导，同时具有对创新基金项目的最终立项审批权；专家咨询委员会作为创新基金咨询机构，负责审议确定创新基金年度支持重点领域，并对创新基金的管理提供指导和咨询意见；创新基金管理中心作为创新基金的办事机构，负责创新基金的日常管理与创新基金项目的组织实施工作，从而实现了政府决策与专家咨询紧密结合、决策监督与管理实施相对分离，各尽其责、互相制约、互相监督的管理特点和运行机制。

三、创新基金的立项审查机制

　　创新基金项目评审采取专家与企业“背靠背”的评审方式和竞争择优的评审制度。专家由技术专家、行业管理专家、投资专家、财务专家、企业家等构成。创新基金管理中心专门建立了专家库，严格遵循德才兼备的专家选取原则，并对入库专家实行动态管理和严格的考评制度。创新基金管理中心组织的立项审查过程规范，设有互相监督机制。
　　创新基金项目评审内容既包括对项目技术水平的审查，也包括对企业综合实力的审查。评审专家按照企业发展能力、项目技术创新性、项目产品市场、商业模式、企业财务状况、投资预算的合理性和自筹资金的可行性等多个方面的评价指标，审阅企业的申报材料。

四、创新基金本年度支持重点

　　创新基金要继续坚持以市场为导向、支持创新、鼓励创业、重点突出、管理规范、竞争择优的原则，加大对科技型中小企业的支持力度，为夺取应对国际金融危机冲击的全面胜利、加快转变经济发展方式作贡献。2010年创新基金支持的重点是创新性强、技术含量高、市场前景好、具有自主知识产权的项目；围绕战略性新兴产业，具有资源消耗低、带动作用大、就业机会多、综合效益好的关键技术、关键创新产品项目；围绕十大重点振兴产业，为技术改造、产业升级、提高产业发展质量和效益提供先进技术支持和配套服务的创新项目；以创业促就业，尤其是毕业大学生、研究生（包括海外留学生）在大学科技园、创业中心等创业服务机构内的创新项目；人才密集、技术关联性强、附加值高并已直接服务于社会经济发展的高技术服务业项目；为科技型中小企业创新活动服务的公共技术服务平台项目；创业投资引导基金风险补助、投资保障、阶段参股试点项目；具有一定技术含量，在国际市场上有较强竞争力，以产品出口为导向的项目；重大科技专项相关成果的市场转化项目；符合区域经济协调发展的要求，结合西部欠发达地区产业发展特点和资源优势，适合于西部欠发达地区的创新项目。

五、创新基金各类项目审查重点

　　针对科技型中小企业创新活动的特点和创新基金的支持政策，创新基金采取不同的项目类型给予资助。各类项目的审查侧重点是：
　　创新项目：重点支持科技型中小企业在新产品的研发初期、研发中期以及对于市场急需的、有较好创新性的产品中试阶段的技术创新活动。技术创新性包括新技术的发明、一项成熟技术的新应用、多项技术的集成应用。对于研发初期的项目，立项审查关注的重点是技术创新性、企业领导者素质和创业团队状况。对于研发中期的项目，立项审查关注的重点是项目产品的技术创新性、项目产品市场、项目承担企业的创新能力和基础条件。对于高技术服务业项目，支持的目的是通过资助服务中的技术创新活动，提升企业核心服务业务水平和企业的综合竞争能力，促进高技术服务业企业的快速成长，立项关注的重点是服务的技术含量和商业模式创新。
　　中小企业公共技术服务机构补贴资金项目：重点支持为中小企业提供创新资源共享服务，为技术创业提供孵化服务，为中小企业技术转移提供服务等服务业务。支持的机构需具有开放的服务模式、明确的服务对象群体、较好的服务基础和服务能力。中小企业公共技术服务机构补贴资金项目设立的目的是通过资助，引导和鼓励更多非营利性和公益型机构开展面向中小企业群体的技术服务，并使其形成一个群体，更加有效地发挥中央财政的政策引导作用。中小企业公共技术服务机构补贴资金项目立项审查关注的重点是服务内容的市场需求、服务能力和服务绩效。
　　创业投资引导基金项目：重点向有科技型中小企业投资行为的创业投资机构及被投资的中小企业进行投资或补贴，鼓励创业投资机构投资科技型中小企业（详细内容见有关文件）。

　　创新基金不支持军用产品开发项目，也不涉及农业类项目，农业类项目均归入科技部农业科技成果转化资金支持。