中小企业创新基金的申报流程创新基金申报工作全面实行数字化管理，企业需登录网络工作系统进行网上申报。
第一 进行注册
1．企业登录当地推荐单位的网站（也可以通过科技部创新基金网站进入当地推荐单位网站），在线填写企业信息；
2．企业下载注册承诺书、注册信息表，法人代表签字，加盖公章；
3．企业将注册资料（加盖企业公章的注册承诺书、注册信息表、企业法人营业执照、国税登记证、地税登记证、企业章程、验资证明等）送交当地区县科技主管部门进行审核认证；
4．区县科技主管部门提出书面认证意见。
第二 进行申报
1．企业按注册的用户名和密码登录当地推荐单位网站（也可以通过科技部创新基金网站进入当地推荐单位的网站），选择申报项目栏目进行操作；
2．企业按照系统的详细提示，了解和明确操作要求；
3．企业填写申报材料（创新基金申报系统提供了详细的指标定义和解释、填报说明和要求、以及相关学习知识，企业完全可以独立完成填报过程）；
4．企业将完成的内容发送推荐，同时将区县科技主管部门的认证材料、加盖企业公章的相关附件报送推荐单位；
5．推荐单位对企业申报资料进行审核，提出修改完善意见，企业修改完善后提交；
6. 推荐单位接收企业申报的项目经审核后，网上激活，完成项目的申报。